पशुपतिनाथ मंदिर का प्रथम अस्तित्व 400 ईसा पूर्व माना जाता है और 15वीं शताब्दी में इसका नवीनीकरण किया गया था। मंदिर के पश्चिमी द्वार के सामने भगवान शिव के वाहन नंदी की एक विशाल स्वर्ण प्रतिमा है, जो आने वाले भक्तों को आकर्षित करती है।
मंदिर परिसर में चार दिशाओं में प्रवेश के लिए चार प्रवेश द्वार हैं। पश्चिमी प्रवेश द्वार मंदिर का मुख्य प्रवेश द्वार है, जबकि बाकी तीन प्रवेश द्वार सभी बड़े उत्सवों के समय ही खोले जाते हैं। मंदिर के परिसर में मुख्य मंदिर के साथ अन्य सभी मंदिर लकड़ी के ढांचे में चौकोर आकार में बने हुए हैं। मुख्य मंदिर की दो मंजिला छत तांबे से बनी हुई है और सोने से ढकी हुई है, मुख्य शिखर सोने में मढ़ा हुआ है और द्वार चांदी की चादरों से जड़े हुए हैं।
इस मंदिर में केवल भारतीय और तिब्बती मूल के हिंदू और बौद्ध धर्म के लोगों को ही मुख्य मंदिर में प्रवेश की अनुमति है। यह मंदिर 1979 से यूनेस्को की विश्व धरोहर स्थलों की सूची में सम्मिलित है। इस मंदिर के परिसर में श्री राम मंदिर, विराट स्वरूप मंदिर और 12 ज्योतिर्लिंग भी स्थापित हैं।
मंदिर के पास आदिमाता शक्ति के 52 शक्तिपीठों में से एक श्री गुह्येश्वरी शक्तिपीठ भी स्थित है, जिसका एक रास्ता पशुपतिनाथ से जंगल की ओर जाता है। आप मंदिर परिसर में कई अन्य मंदिर, आश्रम और विश्राम स्थल भी देख सकते हैं। मंदिर के कुछ बंदरों को लोगों के साथ खेलते और कभी-कभी उन्हें डराते देखा जा सकता है। हिरणों को जंगल में संरक्षित किया जाता है।
मंदिर के दर्शन की तैयारी करते समय आपको शाम को 6 बजे होने वाली आनंदमयी संध्या आरती अवश्य देखनी चाहिए। भगवान पशुपतिनाथ जी की यह संध्या आरती बहुत ही शानदार होती है। इसके अलावा, बागमती नदी के तट पर होने वाले दाह संस्कार का दृश्य आपको अपने जीवन के बारे में सोचने पर मजबूर कर सकता है।
मंदिर के पास पार्किंग की सुविधा भी उपलब्ध है और मंदिर में पूजा के लिए फूल और पूजा सामग्री की दुकानें हैं। सावन मास, शिवरात्रि और सोमवार के दिन मंदिर के दर्शन को सबसे पवित्र माना जाता है।